Red Hat kündigte im September des Jahres 2003 an, die eigene Consumer - Linux - Distribution aufzugeben. Im Anschluss sollte es zu einer Verschmelzung mit dem fedora.us-Projekt und dem Community Projekt kommen. Aus dieser sollte sich letzten Endes das Projekt Fedora Core bilden. Bereits am 05. November des gleichen Jahres war auf dem Markt die erste Version des Projektes zu finden. Noch zu diesem Zeitpunkt handelte es sich um eine direkte Weiterleitung des alten Red Hat Linux. Das Projekt integrierte mit der Version Fedora Core 2 den X.Org - Server als X Window System. Diese Entscheidung berief sich in erster Linie auf die Streitigkeiten um die Lizenzänderung des früher benutzten XFree86.
Der SELinux - Code der NSA wurde in der Version Fedora Core 3 im November 2004 ein fester Bestandteil der Distribution. Fedora Core 4 erschien schließlich im Juni 2005 und beinhaltete ebenfalls die einen oder anderen Weiterentwicklungen. Unter anderem waren die Virtualisierungstechnik Xen und die Entwicklungsumgebung Eclipse integriert. Zudem verwendeten die Entwickler in dieser Version als Standard - Compiler den GCC. Erstmals war Fedora Extras bereits im Voraus in die Software - Verwaltung Fedora Core eingebunden. Mit Fedora Foundation gründete das Unternehmen im Jahr 2005 eine unabhängige Stiftung, die in erster Linie für das Projekt selbst zuständig sein sollte. Die Stiftung hat das Ziel mehrere Mitarbeiter a, Fedora-Projekt zu rekrutieren. Aus diesem Grund sollte die Stiftung so sowohl finanzielle als auch technische Unterstützung von red Hat bekommen. Da dies aber aus steuerrechtlichen Gründen nur begrenzt möglich war, gab das Unternehmen bereits im Jahr 2006 bekannt, dass die Stiftung aufgelöst werden sollte. Als Folge dieser Auflösung sollte sich die Entwicklungsgemeinschaft intensiver am Fedora - Project Board beteiligen und dementsprechend auch stärker eingebunden werden. Im März 2006 kam schließlich die Version Fedora Core 5 (Bordeaux) auf den Markt. Das erste Mal brachte diese ein in Mono programmierte Software mit sich. Die Technik AIGLX wurde mehr oder weniger im gleichen Atemzug entwickelt. Diese sollte den X Org-Server hardwarebeschleunigte 3D - Effekte ermöglichen.
Die eine oder andere Entwicklungsversion war so auch für Fedora Core 5 verfügbar. Fedora Core 6 integrierte bei der Veröffentlichung im Oktober 2006 voll und ganz den AIGLX. Dieser hatte sich im Laufe der Zeit schon zu einem festen Bestandteil des X Org-Servers entwickelt. Das Unternehmen Red Hat Linux hatte für seine jeweiligen Versionen spezielle Codenamen. Auch in den kommenden Jahren wird diese Tradition weiter fortgesetzt. Wenn man sich über all diese Namen einen Überblick verschaffen möchte, findet man die entsprechenden Listen unter Fedora- und Red-Hat-Versionsnamen. Wie auch schon bei dem Unternehmen Red Hat findet sich auch in dem Fedora Projekt der Grundsatz wider, dass nur Computerprogramme mit vollständig freien Lizenzen verwendet werden dürfen. In erster Linie möchte das Unternehmen sämtliche Lizenzstreitigkeiten auf diesem Weg vermeiden. Allerdings hat das Unternehmen so auch die einen oder anderen Problemen, die nun einmal auch entsprechend publik gemacht wurden. So bringt die Distribution nicht die Möglichkeit mit sich, dass Programme mit MP3 - Unterstützung installiert werden können. Möchte man diese nutzen, muss man sie nachträglich installieren. Hierfür gibt es die entsprechenden inoffiziellen Datenbanken.
